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EMR999基本功能包括如下四部分，包含于EMR999基本软件包中：
1、病历管理；
2、医疗辅助功能；
3、基本质控管理；
4、系统维护；
EMR999扩展功能包括如下五部分，包含于EMR999扩展软件包中：
1、 护理病历；
2、 扩展质控管理；
3、 安全治疗管理设置；
4、 临床路径（CP）；
5、 电子医嘱（CPOE）；